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我國是一個歷史悠久、疆域遼闊、物產(chǎn)豐富的農(nóng)業(yè)大國，這是發(fā)展生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游發(fā)展的物質(zhì)基礎(chǔ)。但是現(xiàn)代生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游在我國起步較晚，上個世紀八十年代后期，改革開放前沿的深圳舉辦了首屆荔枝節(jié)，吸引近22萬國內(nèi)外來賓應(yīng)邀參加，貿(mào)易成交5億多元，隨后又開辦了采摘園，均取得了良好的經(jīng)濟效益。隨后在全國的很多地方，他們結(jié)合自己的農(nóng)業(yè)特點、自然資源和文化遺產(chǎn)相繼建成了具有一定規(guī)模和一定面積的生態(tài)農(nóng)業(yè)園、高新農(nóng)業(yè)科技示范園等。為了順應(yīng)這一發(fā)展趨勢，1998年國家旅游局推出“華夏城鄉(xiāng)游”的主題旅游，“住在農(nóng)家、吃在農(nóng)家、玩在農(nóng)家”成為生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游一的項重要內(nèi)容。從此以后，全國各地相繼出現(xiàn)了一批農(nóng)業(yè)生態(tài)旅游項目，其中較有名的有：上海孫橋現(xiàn)代農(nóng)業(yè)開發(fā)區(qū)、北京的綿繡大地、蘇州農(nóng)林大世界、無錫馬山旅游農(nóng)業(yè)科技示范園、江陰華西現(xiàn)代農(nóng)業(yè)示范園等。中國產(chǎn)業(yè)洞察網(wǎng)研究部調(diào)研顯示，全國很多地方在大力發(fā)展生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游的過程中，逐漸顯現(xiàn)出一些行業(yè)發(fā)展問題。
項目重復建設(shè)現(xiàn)象嚴重，行業(yè)處于低水平的無序競爭狀態(tài)。近年來，隨著經(jīng)濟的發(fā)展，國內(nèi)休閑旅游需求急劇增長，為生態(tài)農(nóng)業(yè)游客提供了廣闊的客源市場。很多生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游投資者因為急功近利，在沒有完全認識環(huán)境資源和產(chǎn)業(yè)規(guī)劃的前提下盲目效仿，導致在某一區(qū)域生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游項目重復建設(shè)現(xiàn)象嚴重，生態(tài)農(nóng)業(yè)資源的開發(fā)模式雷同、功能相似，從而很容易造成行業(yè)間的低水平無序的惡性競爭，不利于生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游產(chǎn)業(yè)的健康、可持續(xù)發(fā)展。
只注重經(jīng)濟效益，忽略社會效益和生態(tài)效益。多數(shù)生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游經(jīng)營者只追求經(jīng)濟利益，而忽略社會效益和生態(tài)效益。他們在修建旅游設(shè)施時大肆亂砍亂伐，普遍缺乏對自然環(huán)境、原生態(tài)文化和可持續(xù)發(fā)展方面的特殊考慮，造成當?shù)刈匀画h(huán)境、社會文化的破壞和資源的閑置與浪費。在很多生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游景區(qū)，由于游客的大量涌入，外來的一些文化對當?shù)氐牡赜蛎袼孜幕厣斐闪艘恍┢茐?。這些都違背了生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游的可持續(xù)發(fā)展，有悖于建設(shè)“美麗中國”的思想方針。
旅游方式單一，景區(qū)人工化傾向嚴重。目前生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游項目中，游客旅游的方式單一，主要是以參觀游覽為主，缺少特色和多樣性。旅游商品不但品種單調(diào)、缺乏新意并且更新也慢，沒有突出優(yōu)勢的拳頭產(chǎn)品，而且大多都是一些未經(jīng)加工或簡單加工的初級農(nóng)產(chǎn)品，缺乏地方文化特色和生態(tài)農(nóng)業(yè)特色。在一些開發(fā)項目中生態(tài)果園、林地、垂釣較為普遍，而生態(tài)養(yǎng)殖場、租賃果園、開心農(nóng)場、個性化菜地開發(fā)卻相對較少，難以滿足游客多種的旅游需要；其次是景區(qū)人工化傾向嚴重，生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游的基礎(chǔ)是農(nóng)業(yè)體系內(nèi)部功能的良性循環(huán)和生態(tài)合理性，但目前多數(shù)經(jīng)營開發(fā)者認識不清，片面追求短期效益，大搞建設(shè)，在一些風景優(yōu)美的農(nóng)業(yè)區(qū)，大興土木，城市化、人工化痕跡明顯，這與生態(tài)旅游、可持續(xù)發(fā)展背道而馳。
經(jīng)營管理不完善，政府職能發(fā)揮不到位。生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游目前還沒有直接隸屬的管理機構(gòu)，市場的開發(fā)和經(jīng)營行為得不到宏觀的規(guī)范和管理。很多生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游旅游區(qū)是在原有的農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)上自主開發(fā)形成的，經(jīng)營管理者往往都是文化層次不高的農(nóng)民，他們?nèi)狈茖W的管理理論基礎(chǔ)，缺乏培訓，缺乏先進的管理經(jīng)驗，這些常常會造成管理混亂、宰客、欺詐等影響當?shù)芈糜涡蜗蟮牟晃拿鳜F(xiàn)象的出現(xiàn)，很難把旅游做大做強。在這個方面，政府本應(yīng)該發(fā)揮自己宏觀調(diào)控和微觀管理方面的職能，但是在很多地方，相關(guān)部門管理相互扯皮，管理不到位，這些都直接影響生態(tài)農(nóng)業(yè)旅游的可持續(xù)性發(fā)展。
